Im Oktober 2006 spielte Florian Wilkes auf Einladung des 10-köpfigen Orgelkomitees an der Kaiserlichen Universität Komaba zu Tokyo. In den Jahren 2007 bis 2010 führten ihn Konzertreisen u. a. nach Finnland, Österreich, Polen, Niederlande und in die Schweiz. Außerdem konzertierte er in der Basilica of the National Shrine in Washington D.C., auf der Compenius-Orgel des Königlichen Schlosses zu Frederiksborg, in der Leonhardtskirche zu Basel, auf Gottfried Silbermanns Meisterwerk in Niederschöna (Erzgebirge) und beim Internationalen Orgelfest in Breslau.
Florian Wilkes wurde gefördert durch die Goethe-Institute Osaka und Paris, den Deutschen Musikrat und die Gotthard-Schierse-Stiftung. Er komponiert Musik für unterschiedliche Besetzungen und hat seit 1996 elf CD- Einspielungen veröffentlicht.